Clannad sucede en un instituto situado en algún pueblo japonés. Okazaki Tomoya es un estudiante de tercer año que no se toma en serio sus estudios. Siempre llega tarde a clase, es visto como un delincuente por el resto de sus compañeros que están ocupados preparando sus exámenes de ingreso. No hace falta decir que tampoco tiene muchos amigos cercanos.
A Tomoya parece no importarle también, hasta que un día conoce a una chica, Furukawa Nagisa, que se queda sola sin amigos en esta escuela, porque todos los que conocía ya se han graduado. Qué chica tan torpe, piensa al principio. Pero no puede dejarla sola, así que, mientras la ayuda, conoce a otras chicas de su escuela. Aunque al principio no se preocupa mucho por ellas, pronto les abre su corazón a medida que se van conociendo mejor.