Después de un año en América, Kurisu Makise regresa a Akihabara y se reúne con Rintarou Okabe. Sin embargo, su reunión se interrumpe cuando Okabe comienza a experimentar flashes recurrentes de otras líneas de tiempo cuando las consecuencias de su viaje en el tiempo comienzan a manifestarse. Estos efectos secundarios culminan en la desaparición repentina de Okabe del mundo, y sólo el sorprendido Kurisu tiene algún recuerdo de su existencia.
En medio de la desesperación, Kurisu se enfrenta a una elección verdaderamente ardua que pondrá a prueba tanto su deber como científica como su lealtad como amiga: seguir el consejo de Okabe y mantenerse alejada de viajar en el tiempo para evitar las posibles consecuencias que pueda tener en las líneas del mundo, o ignorarlo para rescatar a la persona que más aprecia. Independientemente de su decisión, el camino que elija es uno que afectará al pasado, al presente y al futuro.