
A medida que la estación cambia de primavera a verano, Makoto Yuuki permanece junto al Escuadrón de Ejecución Extraescolar Especializado (SEES). El equipo sigue derrotando a las Sombras grandes y pequeñas, pero ahora se enfrenta a un nuevo enemigo: Strega, un grupo de usuarios de Persona renegados que desean mantener la Hora Oscura en su beneficio; parece que Strega puede tener una pista sobre la verdadera naturaleza de la Hora Oscura.
Mientras SEES disfruta de las vacaciones de verano en Yakushima, se les une Aegis, una androide amnésica diseñada para destruir las Sombras. Aunque demuestra ser una poderosa aliada, se siente inexplicablemente atraída por Makoto y permanece constantemente a su lado. A medida que se adentran en los misterios de la Hora Oscura, se va desvelando la naturaleza de la misteriosa conexión que une a estos dos.