Una vez derrotado el último Ángel, a Nerv le queda un último enemigo al que enfrentarse: los humanos bajo el mando de Seele.
Sumido en una profunda depresión al final de la serie original, un indeciso Shinji Ikari lucha con el ultimátum que se le presenta: aceptar completamente la existencia de la humanidad o renunciar a su individualidad. Mientras tanto, en el núcleo de un Nerv comprometido, Gendou Ikari y Rei Ayanami se acercan a Lilith en un intento de hacer realidad sus propios ideales respecto al futuro del mundo.
The End of Evangelion sirve como final alternativo a los polarizantes episodios finales de Neon Genesis Evangelion. Con el destino del universo pendiendo de un hilo, se aproxima la culminante batalla final.
La película fue galardonada con el premio Animage Anime Grand Prix de 1997, el premio de la Academia Japonesa a la mayor sensación del público del año y el premio especial del público por el Animation Kobe de 1997.