Esta pelicula se sumerge en el pasado de los miembros del Club de Natación Iwatobi junto a sus compañeros nadadores y competidores.
Haruka Nanase y Makoto Tachibana han comenzado la escuela secundaria y deben adaptarse a los cambios que conlleva el crecimiento. Mientras que Makoto encaja con sus compañeros de clase y sigue siendo positivo en lo que respecta a la natación, Haruka lucha por hacerse amigo de los demás o por unirse al club de natación de su escuela, ya que sus anteriores problemas con la natación le preocupan. Al distanciarse de sus animados compañeros y del club de natación, le resulta difícil decidir a qué club unirse. El resto de sus compañeros, incluido Makoto, también dudan sobre en qué club participar. Después de que una discusión les lleve a unirse al club de natación de todos modos, los chicos se esfuerzan por perfeccionar sus habilidades, armonizar sus estilos de natación y refinar sus sentimientos conflictivos hacia la natación y entre ellos.
Mientras la determinación y el talento se disparan, son testigos de cómo Haruka y Makoto -junto con sus compañeros de clase- se descubren a sí mismos y mejoran sus talentos durante sus días de inicio.