En un día tranquilo y pacífico, los cielos se abren y los seres extradimensionales, designados como los Desconocidos, lanzan un rápido y brutal ataque contra la humanidad. Para proteger el futuro del país, todos los niños de Japón son congelados criogénicamente hasta el final de la guerra para mantenerlos fuera de peligro.
Pasan varios años, y la humanidad se ha establecido en un rincón de Japón, que ahora sirve como la línea de frente de la guerra. Ya no se enfrentan a la extinción de la humanidad, los niños son despertados de su sueño. Se descubre entonces que, mientras que en la criogénesis, los niños habían desarrollado Mundos, poderes sobrenaturales únicos para cada persona. Los seis niños más poderosos reciben el mando de las ciudades reclamadas, usando sus poderes para defender las fortalezas contra la continua invasión. Los amigos de la infancia Ichiya Suzaku y Canaria Utara dirigen Tokio, los hermanos Kasumi y Asuha Chigusa dirigen Chiba, y Maihime Tenkawa y Hotaru Rindou supervisan Kanagawa.
Con el tiempo, los ataques casi rutinarios de los Desconocidos y las personalidades enfrentadas de las cabezas y subcabezas de las ciudades cultivan rivalidades mezquinas, lo que da lugar a constantes discusiones entre las tres ciudades. Al aumentar repentinamente la presión de los ataques de los Desconocidos, los líderes de las tres ciudades deben aprender a trabajar juntos o se arriesgan a perder la última línea de defensa contra la extinción de la humanidad.