Alfred Izuruha es un niño de 10 años que vive en la colonia neutral Side 6 y, como la mayoría de los chicos de su edad, está obsesionado con la guerra entre la Federación Terrestre y el Principado de Zeon. Sin que él lo sepa, Christina, la vecina de Al, es la piloto de pruebas de un prototipo de Gundam que la Federación Terrestre está desarrollando en secreto en la colonia. Un equipo de las Fuerzas Especiales de Zeon se infiltra en la colonia para robarlo o destruirlo.
Cuando estalla una escaramuza entre la Federación y las fuerzas infiltradas de Zeon, el fascinado Alfred tropieza con un traje móvil Zaku que ha sido derribado, pilotado por el novato de Zeon Bernard “Bernie” Wiseman. Tras este encuentro, ambos inician una amistad mutua, para que Alfred pueda aprender más sobre la guerra que tanto le interesa, y Bernie pueda adquirir información privilegiada sobre la colonia para ayudar en la misión de su equipo.
Mobile Suit Gundam 0080: War in the Pocket fue un proyecto realizado para conmemorar el 10º aniversario de la franquicia. Era la primera vez que alguien que no fuera Yoshiyuki Tomino dirigía un proyecto de Gundam, con Fumihiko Takayama como director principal.