Para combatir la amenaza de los Alter se crea la Fuerzas de Supresión de Alter, compuesta por personas con una gran energía cerebral y localizada en el último bastión de la humanidad: Nueva Himuka. El protagonista de la historia es Yuito Sumeragi, entre cuyos antepasados se encuentra el padre fundador de la ciudad. Se trata de un personaje optimista que guarda un gran cariño a las Fuerzas de Supresión de Alter debido a que un miembro del equipo le salvó en el pasado de un ataque enemigo.