Hace treinta años, la repentina aparición de formas de vida alienígenas invasoras desconocidas estuvo a punto de provocar el fin del mundo.
Desde entonces, la humanidad y estas criaturas, conocidas como «Especies Invasoras», no han dejado de enfrentarse por el territorio habitable. Aunque la seguridad humana se mantiene a duras penas, el mundo sigue al borde del colapso. Mientras persiste la amenaza de muerte y destrucción, la gente sigue con su vida cotidiana haciendo caso omiso del peligro constante que les rodea. En respuesta a ello, las Naciones Unidas crean EXCEEDS, una organización encargada de investigar y combatir las amenazas causadas por las Especies Invasoras.
La historia comienza en Mizuho, una nación insular del Lejano Oriente, donde Shiina Kuze, una joven cazadora que se dedica a exterminar especies invasoras, vive en una isla remota. Shiina, que no desea nada más que una vida tranquila junto a su única familia —su hermana menor, Setsuna—, ve cómo su rutina se ve alterada cuando se produce un incidente inesperado que la arrastra a un conflicto mucho mayor.