El mundo de Duel Monsters vuelve a evolucionar con el desarrollo de una red llamada Link Vrains y una nueva mecánica de invocación introducida como Link Summoning. A través de este ciberespacio, los duelistas pueden ahora crear sus propios avatares y batirse en duelo para alcanzar la gloria dentro de una realidad virtual.
Sin embargo, al igual que el mundo real, el mundo digital no está libre de guerras, conflictos y misterios. Hace años, una organización de hackers conocida como los Caballeros de Hanoi desató un ataque contra Link Vrains. Dirigidos por el anónimo Revolver, su objetivo era aniquilar el programa de inteligencia artificial conocido como el Ciberser. Tras un intento fallido, uno de sus objetivos, Ignis, consiguió escapar y esconder el Cyberse en algún lugar de la red.
Cinco años después, el estudiante de secundaria Yuusaku Fujiki se encuentra con un extraño programa de inteligencia artificial mientras se bate en duelo en Link Vrains. Bajo la apariencia de su avatar, llamado Playmaker, Yuusaku y su compañero en el crimen, Shouichi Kusanagi, deciden unir fuerzas con la peculiar existencia. Mientras busca la verdad tras un misterioso incidente del pasado, Yuusaku lucha contra los Caballeros de Hanoi y SOL Technologies en una carrera que podría alterar el destino del mundo.