Yuugi Mutou es un ingenuo y solitario estudiante de secundaria al que le fascinan los juegos. Mientras se queda con su abuelo, el dueño de una tienda de juegos, se encuentra con una antigua reliquia egipcia conocida como el “Rompecabezas del Milenio”. Se rumorea que concede cualquier deseo a quienes lo resuelven, por lo que Yuugi se empeña en resolverlo para pedir un deseo a sus amigos. Tras años de lucha, Yuugi consigue completar el rompecabezas y descubre misteriosamente que su deseo se ha cumplido.
Mientras tanto, un nuevo juego de cartas conocido como “Duel Monsters” empieza a ganar popularidad. En este juego, los jugadores llamados duelistas luchan entre sí con “monstruos” utilizando cartas mágicas y de trampa para frustrar los planes de su oponente. Yuugi se convierte rápidamente en un experto en el juego y vive una vida tranquila con sus nuevos amigos.
Sin embargo, la paz de Yuugi dura poco. El invicto duelista y multimillonario egocéntrico Seto Kaiba secuestra de repente al abuelo de Yuugi, obligándole a batirse en duelo contra la rara carta “Dragón Blanco de Ojos Azules”. Yuugi es arrojado a un nuevo mundo de feroces batallas y las apuestas siguen aumentando mientras fuerzas oscuras interfieren desde las sombras. Tras derrotar inesperadamente a Kaiba con la ayuda de su “otro yo” -el espíritu de un faraón sin nombre- contenido en el puzzle, se convierte extraoficialmente en el mejor duelista conocido como “El Rey de los Juegos”. Sin embargo, este nuevo título atraerá la codicia y Yuugi tendrá que utilizar toda su inteligencia y fuerza de voluntad para proteger lo que más aprecia.